• กรณีการขายสินค้า ผู้ประกอบการจดทะเบียนมีหน้าที่ต้องออกใบกำกับภาษีพร้อมทั้งส่งมอบให้แก่ผู้ซื้อในในทันทีที่มีการส่งมอบสินค้าให้กับผู้ซื้อ

• กรณีการให้บริการ ผู้ประกอบการจดทะเบียนมีหน้าที่ต้องออกใบกำกับภาษีพร้อมทั้งส่งมอบให้แก่ผู้รับบริการในทันทีที่ได้รับชำระราคาค่าบริการ

ผู้ประกอบการจดทะเบียนต้องจัดทำใบกำกับภาษีอย่างน้อย 2 ฉบับ ดังนี้

• ต้นฉบับ ผู้ประกอบการต้องส่งมอบให้กับผู้ซื้อสินค้าหรือผู้รับบริการ

• สำเนา ผู้ประกอบการต้องเก็บรักษาไว้เพื่อเป็นหลักฐานประกอบการลงรายงานภาษีเป็นเวลาไม่น้อยกว่า 5 ปีนับแต่วันที่ทำรายงาน
           สำหรับผู้ประกอบการจดทะเบียนที่เป็นผู้ซื้อสินค้าหรือรับบริการต้องเรียกใบกำกับภาษีจากผู้ประกอบการจดทะเบียนอื่น ซึ่งเป็นผู้ขายสินค้าหรือให้บริการเพื่อใช้เป็นหลักฐานในการคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่ม และหากผลการคำนวณภาษีปรากฏว่า ภาษีซื้อมากกว่าภาษีขาย ถือเป็นเครดิตภาษี ผู้ประกอบการจดทะเบียนมีสิทธินำไปชำระภาษีมูลค่าเพิ่มในเดือนภาษีถัดจากเดือนภาษีที่คำนวณภาษีนั้น และหากในเดือนภาษีที่นำเครดิตภาษีไปชำระยังมีเครดิตภาษีคงเหลืออยู่อีกก็มีสิทธินำไปชำระภาษีมูลค่าเพิ่มในเดือนภาษีถัดไปได้
           ในกรณีผู้ประกอบการจดทะเบียน ไม่ใช้สิทธินำเครดิตภาษีที่เหลืออยู่ไปชำระภาษีมูลค่าเพิ่มในเดือนถัดไป ก็มีสิทธิขอคืนภายใน 3 ปี นับแต่วันพ้นกำหนดเวลายื่นแบบแสดงรายการภาษีสำหรับเดือนภาษีนั้น

ผู้มีหน้าที่ออกใบกำกับภาษี

1. ผู้ประกอบการจดทะเบียนที่เสียภาษีมูลค่าเพิ่มโดยคำนวณจากภาษีขายหักด้วยภาษีซื้อ

2. ผู้ขายทอดตลาดที่มิใช่ส่วนราชการ ซึ่งขายทอดตลาดทรัพย์สินของผู้ประกอบการจดทะเบียน โดยให้ผู้ขายทอดตลาดออกใบกำกับภาษีในนามของผู้ประกอบการจดทะเบียนเจ้าของทรัพย์สิน (มาตรา 86/3 และคำสั่งกรมสรรพากรที่ ป.87/2542)

3. ตัวแทนในราชอาณาจักร ของผู้ประกอบการจดทะเบียนในราชอาณาจักร โดยมีการตั้งตัวแทนเพื่อขายและได้ส่งมอบสินค้าให้ตัวแทนแล้ว ทั้งนี้ เฉพาะสัญญาการแต่งตั้งตัวแทนเพื่อขายตามประเภทของสินค้าและเป็นไปตามหลักเกณฑ์ วิธีการและเงื่อนไขที่อธิบดีกรมสรรพากรกำหนดโดยอนุมัติรัฐมนตรี (มาตรา 86 วรรคสี่)

4. ตัวแทนในราชอาณาจักร ของผู้ประกอบการจดทะเบียนที่อยู่นอกราชอาณาจักร ตัวแทน จะออกใบกำกับภาษีในนามของผู้ประกอบการจดทะเบียนที่อยู่นอกราชอาณาจักรได้ต่อเมื่อผู้ประกอบการจดทะเบียนนอกราชอาณาจักร ได้ยื่นคำขออนุมัติตามระเบียบที่อธิบดีกรมสรรพากรกำหนด (มาตรา 86/2)

5. ผู้ประกอบการที่อยู่นอกราชอาณาจักร และเข้ามาประกอบกิจการขายสินค้าหรือให้บริการในราชอาณาจักรเป็นครั้งคราว โดยได้ปฏิบัติตามหลักเกณฑ์ วิธีการ และเงื่อนไขที่อธิบดีกรม-สรรพากรกำหนด (มาตรา 85/3 และมาตรา 86 วรรคสอง)

6. ผู้ประกอบการจดทะเบียนที่ถูกขีดชื่อออกจากทะเบียนภาษีมูลค่าเพิ่ม เพราะเลิกประกอบกิจการหรืออธิบดีสั่งเพิกถอนการจดทะเบียนภาษีมูลค่าเพิ่ม อธิบดีกรมสรรพากรจะอนุญาตให้ผู้ประกอบการที่ถูกขีดชื่อออกจากทะเบียนภาษีมูลค่าเพิ่มดังกล่าว ออกใบกำกับภาษี ใบเพิ่มหนี้หรือใบลดหนี้ต่อไปเป็นการชั่วคราวจนกว่าจะหยุดประกอบกิจการ โดยต้องปฏิบัติตามหลักเกณฑ์ วิธีการ และเงื่อนไขที่อธิบดีกรมสรรพากรกำหนด (มาตรา 86/11)

7. ผู้ประกอบการที่ประกอบกิจการที่ได้รับยกเว้นภาษีมูลค่าเพิ่ม ที่ได้แจ้งขอจดทะเบียนภาษีมูลค่าเพิ่มและได้รับอนุมัติให้เสียภาษีมูลค่าเพิ่ม โดยคำนวณจากภาษีขายหักด้วยภาษีซื้อในแต่ละเดือนภาษี (มาตรา 82/3)